گوجه فرنگی یکی از پرمصرف¬ترین سبزیجات درجهان است که هم برای بازار به صورت میوه¬های تازه و هم در صنایع غذایی به صورت محصول فرآوری شده ارزش بالایی دارد. ارزیابی و انتخاب در برنامه‌های اصلاح نباتات برای شناسائی لاین‌های اصلاحی با عملکرد و کیفیت برتر ضروری است. انتخاب فنوتیپی یک گام اساسی در ارزیابی تنوع ژنتیکی از روش لاین‌های اصلاحی است و همچنین برای رسیدن به تنوع مناسب مهم است. تاکنون مطالعات زیادی در زمینه بررسی تنوع ژنتیکی در ارقام زراعی و گونه¬های وحشی گوجه‌فرنگی در سطح جهانی صورت گرفته¬ است. با این حال تنوع ژنتیکی گوجه¬فرنگی¬های موجود در ایران به¬ویژه از دو گروه درشت و گیلاسی به طور هم¬زمان و به منظور بهره برداری در تولید هیبرید گوجه‌فرنگی بررسی نشده¬ است. در این مطالعه 160 ژنوتیپ گوجه‌فرنگی در قالب طرح بلوک کامل تصادفی در سه تکرار در گلخانه ارزیابی گردیدند. صفات مورفولوژیک شامل طول و قطر ساقه، وزن تک میوه شاخص بوته، میزان نماتد ریشه، ضخامت پریکارپ، شکل میوه، رنگ پوست میوه، تعداد برچه، شاخص سبزینگی کلروفیل و سفتی میوه به همراه صفات تولیدی نظیر تعداد میوه رسیده در بوته، متوسط وزن تک میوه و عملکرد و همچنین میزان لیکوپن میوه در شرایط گلخانه‌ای اندازه‌گیری شد. هدف این مطالعه شناسایی و تحلیل ویژگی‌های تولیدی و کیفیتی گوجه‌فرنگی در دو گروه گوجه های درشت و گیلاسی و ارتباط این ویژگی‌ها با صفات قابل ارزیابی در نشاء بوته‌ها بود که احتمالا بتوان از ویژگی های نشاء برای انتخاب زودرس بهترین ژنوتیپ ها اقدام کرد. نتایج تجزیه واریانس اختلاف معنی‌داری را بین ژنوتیپ‌ها برای تمامی صفات نشان داد. به کمک روش تجزیه کلاستر، 160 ژنوتیپ در 9 گروه و همچنین 132 ژنوتیپ نشاء در 7 گروه جای گرفتند.گونه‌های وحشی تنوع ژنتیکی بیشتری نسبت به ارقام زراعی نشان دادند. تجزیه واریانس صفات بوته نشان داد که ژنوتیپ‌های درشت بیشترین وزن تک میوه شاخص بوته، سفتی میوه و همچنین عملکرد را نشان دادند، در حالی که ژنوتیپ‌های گیلاسی ضخامت پریکارپ کمتر، ارتفاع بوته، میزان لیکوپن و تعداد میوه بیشتری داشتند. همچنین تجزیه واریانس صفات نشاء نشان داد که ژنوتیپ‌های درشت دارای بیشترین وزن تر و خشک ریشه و وزن خشک اندام هوایی بودند. از طرفی ژنوتیپ‌های گیلاسی از نظر حجم ریشه و طول گیاهچه بیشتر بودند که به جذب بهتر مواد مغذی و رشد سریع‌تر کمک می‌کند. با روش تجزیه بای پلات دو مولفه اصلی اول بیش از 75 درصد از تغییرات کل داده ها را توصیف کردند. بر اساس نتایج همبستگی، صفاتی مانند وزن میوه، تعداد میوه و ضخامت پریکارپ بیشترین همبستگی مثبت را با عملکرد داشتند. همچنین بین تعداد میوه و وزن تک میوه شاخص بوته رابطه معکوس مشاهده شد. تجزیه همبستگی کانونی نشان داد که وزن تر ریشه و طول گیاهچه در ژنوتیپ‌های درشت همبستگی مثبت با عملکرد گیاه کامل دارند، در حالی که در ژنوتیپ‌های گیلاسی همبستگی وزن تر ریشه و طول گیاهچه با عملکرد معکوس بوده و قطر ساقه بیشترین تاثیر را بر عملکرد ژنوتیپ های گیلاسی داشت. بررسی روند عملکرد تجمعی نشان داد که گوجه‌فرنگی‌های درشت شیب افزایش عملکرد بیشتری نسبت به گیلاسی‌ها داشتند. عملکرد تجمعی در ژنوتیپ‌های گیلاسی تقریباً نصف ژنوتیپ‌های درشت بود. تجزیه کلاستر جداگانه دو گروه درشت و گیلاسی بر اساس صفات مختلف نشان داد که ژنوتیپ‌های درشت و گیلاسی به خوبی از هم تفکیک شدند. ژنوتیپ‌های وحشی کمترین مقدار لیکوپن را داشتند که احتمالا ناشی از اولویت بقا و مقاومت به تنش‌ها در این گروه ژنوتیپ ها است. ژنوتیپ‌های برتر در خوشه‌های جداگانه از نظر عملکرد، از ژنوتیپ‌های درشت و گیلاسی شناسایی شدند که دارای وزن میوه بیشتر همراه با تعداد میوه بیشتر و مقاومت به نماتد بودند. بهترین ژنوتیپ از گروه گوجه فرنگی های درشت ژنوتیپ 135 و بهترین ژنوتیپ از گروه گوجه فرنگی گیلاسی ژنوتیپ 74 بود. نتایج این پژوهش تایید می‌کند که تنوع ژنتیکی قابل توجهی بین ژنوتیپ‌های گوجه فرنگی موجود در ایران وجود دارد که می‌تواند به عنوان منبعی ارزشمند در برنامه‌های اصلاح هیبرید جهت بهبود عملکرد، کیفیت میوه، مقاومت به تنش زیستی و غیرزیستی استفاده شود. کلمات کلیدی: تنوع ژنتیکی، گوجه‌فرنگی، لیکوپن، صفات کمی، صفات کیفی، گلخانه