اسفناج یک سبزی مفید یک‌ساله و حساس به بولتینگ یا زودگلدهی است چرا که گلدهی باعث کاهش شدید کیفیت و بهره‌وری می‌شود. در واقع بولتینگ یک رویداد ناشی از اثرات هماهنگ بین عوامل محیطی مختلف و اجزای ژنتیکی درونی است. اگرچه برخی از ژن‌های کلیدی دخیل در مکانیسم‌های گلدهی در اسفناج شناسایی شده‌اند، اما RNAs طویل غیرکدشونده(lncRNAs) هنوز مورد بررسی قرار نگرفته‌اند. از این رو، در این مطالعه از رویکردهای بیوانفورماتیک برای تجزیه و تحلیل مجموعه داده‌های ترنسکریپتوم دو کلتیوار مختلف ویروفلای (دیرگلده‌ترین) و کاشان (زودگلده‌ترین) در دو مرحله رویشی و زایشی به منظور شناسایی lncRNAs و ساخت شبکه‌های ژنی lncRNA-mRNAs استفاده شد. همچنین همبستگی بین ماژول‌ها و صفات فنوتیپی مورد بررسی قرار گرفت. در این مطالعه، در مجموع 1141 lncRNA بالقوه شناسایی شد که 111 مورد آن به طور قابل توجهی بین مراحل رویشی و زایشی بیان متفاوتی داشتند. آنالیزهای GO و KEGG انجام شده بر روی ژن هدف lncRNAs نشان داد که lncRNAs نقش مهمی در تنظیم گلدهی اسفناج دارند. تجزیه و تحلیل شبکه‌ها منجر به شناسایی ژن‌های شناخته شده مرتبط با گلدهی مانند ELF، COL1، FLT و FPF1 و همچنین برخی از فاکتورهای رونویسی مانند MYB، WRKY، GATA و MADS-box که تنظیم کننده‌های مهم گلدهی در اسفناج هستند، شد. این مطالعه اولین گزارش در مورد شناسایی lncRNAs مربوط به بولتینگ و گلدهی بر اساس توالی یابی ترنسکریپتوم در اسفناج است که منبع مفیدی برای مطالعات ژنومیک عملکردی، تحقیقات بیان ژن‌ها، ارزیابی شبکه‌های تنظیم‌کننده ژن‌ها و برنامه‌های اصلاح مولکولی در تنظیم مکانیسم‌های ژنتیکی مربوط به بولتینگ در اسفناج می‌باشد. کلمات کلیدی: اسفناج، KEGG ، ماژول، فرآیندهای بیولوژیکی، ویروفلای، بیوانفورماتیک، مکانیسم‌های گلدهی