جنس Verbascum با حدود 360 گونه، یكی از بزرگ ترین جنس های خانواده Scrophulariaceae است و ایران با بیش از 43 گونه و 20 گونه بومی، یكی از مراكز مهم تنوع آن به شمار می رود. در این پژوهش، ژنوم كامل كلروپلاست دو گونه دارویی و بومی ایران، V. speciosum و V. sinuatum، برای نخستین بار با استفاده از توالی یابی نسل جدید تعیین توالی و با هشت گونه دیگر مقایسه شد. پس از سرهم بندی و حاشیه نویسی، تحلیل های SSR، تمایل كدونی، فشار انتخاب، تنوع نوكلئوتیدی و فیلوژنتیك انجام شد. هر دو ژنوم دارای ساختار چهاربخشی حفاظت شده و 131 ژن بودند و ژن rpl23 تنها در این دو گونه مشاهده شد كه می تواند نشانگر ساختاری مناسبی باشد. الگوی تمایل كدونی در هر دو گونه مشابه و غالبا شامل كدون های ختم شونده به A/T بود. V. sinuatum دارای 34 SSR و فاقد SSR در ناحیه پرتغییر trnS-trnG بود كه این ناحیه را به نشانگری مناسب برای تمایز گونه ها تبدیل می كند. بیشتر ژن های كلروپلاست تحت گزینش تصفیه كننده و ژن های ndhB، ycf3 و ycf4 تحت گزینش مثبت بودند. نواحی ycf3_1-trnS-GGA و trnH-psbA و ژن های rps15 و rps16 بیشترین تنوع نوكلئوتیدی را نشان دادند. تحلیل فیلوژنتیك رابطه خواهری Verbascum و Scrophularia را تأیید كرد؛ درون Verbascum، V. speciosum با V. songaricum و V. sinaiticum مرتبط بود، در حالی كه V. sinuatum شاخه خواهری واگراتری تشكیل داد. تك ژن rps15 برای تفكیك گونه ها كافی نبود. این پژوهش نخستین اطلاعات ژنوم كلروپلاست این دو گونه بومی ایران را ارائه كرده و پتانسیل نواحی متغیر را به عنوان نشانگرهای مولكولی برای تفكیك گونه ها، احراز هویت دارویی و حفاظت نشان می دهد و مبنایی برای مطالعات آینده ژنومیك، فیلوژنی و بهره برداری پایدار از Verbascum فراهم می كند.
واژگان كلیدی: ژنوم كلروپلاست، فیلوژنتیك، نشانگر مولكولی، انتخاب مثبت، Verbascum speciosum، Verbascum sinuatum