RNAs طویل غیرکدکننده (LncRNA) نقش¬های حیاتی در تنظیم بیان ژن از طریق مکانیزم¬های متنوع ایفا می کنند و به عنوان تنظیم کننده¬های مهم در فرایند¬های بیولوژیکی مختلف، بخصوص در پاسخ به تنش¬های محیطی شناخته می¬شوند. با این حال در سال¬های اخیر چالش¬هایی در ارتباط با شناسایی LncRNA و درک عملکردهای بیولوژیکی آن¬ها به ویژه گروه¬های مرتبط با تنش شوری در گیاه اسفناج وجود دارد. بنابراین، هدف در این مطالعه شناسایی LncRNAs مرتبط با استرس شوری و بررسی پیچیدگی¬های پاسخ به تنش در سطح مولکولی با استفاده از مجموعه داده¬ ترنسکریپتوم دو رقم متفاوت اسفناج شامل مانسترا ویرفلاگ( مقاوم به شوری) و پلاک (حساس به شوری) می¬باشد. این مسیر جامع شامل مراحل کنترل کیفیت، نقشه برداری، مونتاژ و غربالگری برای پیش¬بینی و شناسایی LncRNAs مرتبط با تنش شوری است. پس از تجزیه و تحلیل نتایج در مجموع 2325 LncRNA که 385 از آن¬ها دارای بیان افتراقی بودند، شناسایی و از طریق مراحل غربالگری و مقایسه با پایگاه¬های داده، تایید شدند. علاوه بر این، در این مطالعه ارتباط قابل توجهی بین LncRNAs خاص و ژن¬های کلیدی مرتبط با تنش شوری شناسایی شد. این برهمکنش خاص شامل، MSTRG.42699.1 با پراکسیداز گلوتاتیون، MSTRG.27050.1 با ژن انتقال دهنده قند، MSTRG.28885.1 که با سیستئین سنتاز، MSRTRG.35604.1 با پروتئین ARSP1 و MSTRG.27569.1 با TPX2 نیز برهمکنش نشان دادند.این مطالعه با استفاده از qRT-PCR، الگوهای بیانی مشاهده شده در مجموعه داده¬های ترنسکریپتوم را نیز تایید کرد. همچنین، تحلیل شبکه هم¬بیانی وزن¬دار (WGCNA) منجر به شناسایی ده ماژول مجزا که هر ماژول شامل تعداد معینی ژن کدکننده پروتئین و LncRNAs بودند شد. این تحقیق یک چهارچوب برای شناسایی و توصیف LncRNAs مربط با تنش شوری در گیاه اسفناج را ارائه می¬دهد و نقش¬های بالقوه آن¬ها را در سازگاری با تنش شوری مشخص می¬کند. یافته¬ها حاصل به درک بیشتر از مکانیسم¬های تنظیمی دخیل در پاسخ گیاه به استرس¬ها کمک می¬کند و نتایجی مقدماتی به منظور ایجاد استراتژی¬هایی در جهت بهبود گیاهان تحت شرایط تنش شوری را فراهم می کند. کلمات کلیدی: تنش شوری¬، lncRNAs، اسفناج، WGCNA