خیار یک گیاه مهم اقتصادی یک ‌ساله و حساس به سرما است. حساسیت به سرمای این محصولات هر ساله خسارات اقتصادی زیادی را برای کشاورزان به همراه دارد. با وجود معرفی برخی ارقام نسبتا مقام به سرما و شناسایی عوامل مولکولی درگیر در این تنش مانند ژن-های کد شونده، دیگر عوامل مولکولی مانند RNAs طویل غیرکدشونده(lncRNAs) هنوز مورد بررسی قرار نگرفته‌اند. از این رو، در این مطالعه از رویکردهای بیوانفورماتیک برای تجزیه و تحلیل مجموعه داده‌های ترنسکریپتومی بافت ریشه و برگ خیار در سه تکرار تحت تیمار سرما در 3 بازه رمانی 3، 12 و 24 ساعت به منظور شناسایی lncRNAs و ژن¬های هدف مرتبط استفاده شد. در این مطالعه، در مجموع تعداد 251 ترنسکریپت به عنوان lncRNA شناسایی شد که از این میان 36 ترنسکریپت دارای اختلاف بیان معنی¬دار میان جفت مقایسات بودند. با بررسی ژن‌های هدف در بالادست و پایین دست lncRNA مشخص شد 24 lncRNA دارای ژن هدف مشخص هستند. از میان ژن¬های هدف، یک هلیکاز از نوع RNA DEAD-box، CASP، Cycloartenol synthase، MYB و P450 به عنوان مهم¬ترین ژن¬های هدف با نقش پاسخ به تنش سرما و ایجاد مقاومت شناسایی شدند. این مطالعه اولین گزارش در مورد شناسایی lncRNAs مربوط به بر اساس توالی یابی ترنسکریپتوم در خیار است که منبع مفیدی برای مطالعات ژنومیک عملکردی، تحقیقات بیان ژن‌ها، و برنامه‌های اصلاح مولکولی در تنظیم مکانیسم‌های ژنتیکی مربوط به پاسخ به تنش سرمایی در خیارمی‌باشد. کلمات کلیدی: خیار. بیوانفورماتیک، RNA غیر کدشونده طویل، تنش سرما