گوجه‌فرنگی (Solanum lycopersicum) از خانواده Solanaceae یکی از مهم‌ترین محصولات سبزی در جهان است و ایران نیز از نظر تولید آن، مقام یازدهم را در جهان به خود اختصاص داده است. با این وجود، شیوع سال‌های اخیر بعضی از ویروس‌ها از جمله ویروس‌های متعلق به جنس Tobamovirus به تولید این محصول در ایران و به ویژه استان اصفهان خسارات زیادی را وارد کرده‌است. ویروس موزاییک توتون tobacco mosaic virus (TMV)، ویروس موزاییک گوجه‌فرنگی tomato mosaic virus (ToMV) و ویروس چروکیدگی قهوه‌ای میوه گوجه‌فرنگی tomato brown rugose fruit virus (ToBRFV)از مهم‌ترین ویروس‌های این جنس ویروسی هستند. به‌منظور ردیابی این سه ویروس مهم در گلخانه‌های استان اصفهان، طی سال‌های ???1-???2، نمونه‌های گوجه‌فرنگی با علایم توصیف‌شده برای توباموویروس‌ها جمع‌آوری شدند. از نمونه‌های مزبور RNA کل به روش CTAB استخراج شد و سپس RT-PCR با جفت آغازگر‌های اختصاصی جنس توباموویروس (TobamoF/TobamoR)، TMV (TMVF/TMVR)، ToMV (ToMVF/ToMVR) و ToBRFV (ToBRFVF/ToBRFVR) انجام ‌شد. در آزمون RT-PCR در بیشتر نمونه‌ها (?? از ?? نمونه) قطعات مورد انتظار با جفت آغازگرهای TobamoF/TobamoR و ToBRFVF/ToBRFVR تکثیر شد، ولی هیچ قطعه‌ای با جفت آغازگرهای TMVF/TMVR و ToMVF/ToMVR تکثیر نگردید. محصول PCR تعدادی از نمونه‌ها تعیین توالی نوکلئوتیدی گردید و با نرم‌افزار BLASTn بررسی شد، که براساس نتایج به‌دست‌آمده، حضور ویروس ToBRFV در گلخانه‌های استان اصفهان تأیید شد. به‌منظور انجام مقایسه مولکولی جدایه‌هایToBRFV، ژن پروتیین پوششی در پنج جدایه‌ی شامل Tiran، Flavarjan، Dehaghan، Saman و Shahinshahr تکثیر و تعیین ترادف نوکلیوتیدی شد. بعد ‌از هم‌ردیف‌سازی چندتایی با استفاده از نرم‌افزارDNAMAN X 10.0.2.128 ، درخت فیلوژنتیکی براساس توالی نوکلیوتیدی ژن‌ پروتیین پوششی با استفاده از نرم‌افزار MEGA7.0.26 به روش maximum likelihood و با درجه اعتبارسنجی (bootstrap) ???? رسم شد. بر اساس نتایج حاصل از هم‌ردیف‌سازی چندتایی، جدایه‌های این تحقیق و جدایه‌های موجود در بانک ژن به میزان ?/?? تا ??? درصد با یکدیگر شباهت داشتند و در درخت تبارزایی ترسیم‌شده، جدایه‌های ToBRFV این پژوهش با جدایه‌های ToBRFV موجود در بانک ژن همگی در یک کلاد، نزدیک به کلاد مربوط به جدایه‌های TMV قرار گرفتند، که نشان می‌دهد TMV نزدیک‌ترین ویروس به ToBFRV می‌باشد. میزان آلودگی بذور گوجه‌فرنگی حاصل از میوه‌های آلوده، با استفاده از RT-PCR با جفت آغازگر اختصاصی ToBRFV (ToBRFVF/ToBRFVR) تعیین شد و مشخص گردید از ?? بذر، ?? عدد (?? درصد) آلوده به ویروس هستند. در آزمون انتقال ویروس از طریق بذر، از ?? گیاهچه حاصل از بذور به‌دست‌آمده از میوه‌های آلوده در مرحله‌ی ? تا ? برگیRNA کل استخراج شد و سپس RT-PCR با جفت آغازگر اختصاصی ToBRFV (ToBRFVF/ToBRFVR) انجام شد. در این آزمایش در پنج گیاهچه از ?? گیاهچه (%6) قطعه مورد انتظار تکثیر شد، که نشان می‌دهد میزان انتقال ToBFRV از بذر به گیاهچه بسیار کمتر از میزان آلودگی بذرها (1/. برابر) می‌باشد. به این لحاظ، توجه به استفاده از بذر و نشاء عاری از ویروس در مدیریت ToBFRV در گلخانه‌های گوجه‌فرنگی نقش بسیار مهمی دارد. کلمات کلیدی: ویروس چروکیدگی قهوه‌ای میوه گوجه‌فرنگی، ویروس موزاییک گوجه‌فرنگی، ویروس موزاییک توتون، واکنش زنجیره‌ای پلی‌مراز با نسخه‌برداری معکوس، انتقال از طریق بذر