گوجه فرنگی با نام علمی Solanum lycopersicum L. گیاهی یک ساله و دولپه ایی از خانواده ی سولاناسه یکی از مهمترین سبزیجات جهان به شمار می آید. ویروس پژمردگی لکه ای گوجه فرنگی tomatospottedwiltvirus;TSWV هر ساله باعث ایجاد خسارت های کمی و کیفی بر روی تعداد زیادی از محصلات زراعی و باغی از جمله گوجه فرنگی می گردد . این ویروس در طبیعت توسط گونه های مختلف تریپس به ویژه occidentalis Frankliniella منتقل می شود. کنترل TSWV به دلیل وسیع بودن دامنه میزبانی ویروس و ناقل آن مشکل می باشد.کنترل شیمیایی ناقل یکی از روش های کنترل بیماری ناشی از TSWV است ولی به دلیل مقاومت ناقل به حشره کش ها کارایی پایینی دارد. یکی از موثرترین راه های کنترل این بیماری در گوجه فرنگی استفاده از ارقام مقاوم می باشد. تاکنون تک ژن غالب SW-5 به عنوان عامل مقاومت در برابر این ویروس در SolanumperuvianumL. شناسایی و به تعدادی از ارقام گوجه فرنگی وارد شده است. در این پژوهش ردیابی ژن مقاوم SW-5با استفاده از جفت آغازگر ZUP641/ZUP642 و ارزیابی فنوتیپی بیماری TSWV در شرایط گلخانه در ارقام مختلف گوجه فرنگی انجام شد. به منظور ردیابی ژن SW-5 در ژنوتی های گوجه فرنگی، 45 ژنوتیپ مختلف گوجه فرنگی مورد استفاده قرار گرفت و استخراج DNA کل به روش CTAB انجام گردید.آزمون PCR با استفاده از جفت آغازگر ZUP641/ZUP642 انجام شد و محصول PCR با استفاده از آنزیم برشیMseI برش داده شد. بر اساس نتایج به دست آمده از تجزیه و تحلیل مولکولی ژن SW-5 در 13 ژنوتیپ از 44 ژنوتیپ بررسی شده شامل 5، 10، 14، 15، 16، 17، 21، 22، 23، 24، 27، 39 و 40 ردیابی گردید. به منظور ارزیابی فنوتیپی ژنوتیپ های گوجه فرنگی، مایه زنی مکانیکی در مرحله 4 تا 5 برگی توسط TSWV انجام شد. ژنوتیپ های گوجه فرنگی پس از 14،21 و 28 روز براساس شدت علائم امتیازدهی شدند. براین اساس گیاهان بدون علائم دارای امتیاز 1، گیاهان دارای موزاییک خفیف امتیاز 2، گیاهان دارای موزاییک و لکه های حلقوی بافت مرده امتیاز 3، گیاهان دارای کم رشدی ، موزاییک و لکه های حلقوی بافت مرده امتیاز 4 وگیاهان دارای کم رشدی، زردی و بافت مردگی برگ ها امتیاز 5 داده شد. بر اساس آزمایش ارزیابی فنوتیپی تنها پنج ژنوتیپ شامل ژنوتیپ های 1، 10، 14، 22 و 40 به عنوان ژنوتیپ های مقاوم و بقیه ژنوتیپ های به عنوان حساس و بسیار حساس ارزیابی شدند. در تمامی ژنوتیپ های مورد استفاده در ارزیابی فنوتیپی در آزمون RT-PCR با استفاده از جفت آغازگر FJJ200274/FJJ200275 قطعه مورد انتظار810 جفت باز تکثیر شد. مقایسه آزمون فنوتیپی و ردیابی ژن مقاوم SW-5 نشان می دهد که از بین ژنوتیپ های مقاوم به جز ژنوتیپ یک که بررسی نگردید، همگی دارای آلل مقاوم می باشند. با توجه به تکثیر ویروس در این ژنوتیپ ها تصمیم در مورد مقاومت کامل یا تحمل به TSWV نیاز به تعیین میزان تکثیر ویروس در این ژنوتیپ ها دارد. همچنین ارزیابی برخی از ژنوتیپ ها شامل ژنوتیپ های 5، 15، 16، 17، 21، 23، 24، 27 و 39 به عنوان حساس و بسیار حساس در آزمون فنوتیپی علیرغم وجود ژن مقاومSW-5 نشان دهنده عدم بیان این ژن و یا رخداد پدیده شکست مقاومت می باشد. این ژنوتیپ ها پتانسیل استفاده جهت مدیریت بیماری ناشی از TSWV در آینده را خواهند داشت.