ژن‌های آکسین-3- ایندول استیک اسید، ژن‌های اولیه پاسخ‌دهنده به اکسین هستند که برای انتقال سیگنال اکسین و رشد و نمو گیاه ضروری می¬باشند. با توجه به اهمیت این خانواده ژنی و نبود اطلاعات کافی در مورد آن¬ها در گیاه اسفناج، پژوهشی به منظور شناسایی و بررسی عملکرد این خانوده ژنی طراحی و اجرا شد. در این تحقیق با استفاده از مدل پنهان مارکوف، 24 ژن Aux/IAAs در ژنوم اسفناج شناسایی و متعاقباً بررسی و ارزیابی شدند. بررسی موقعیت و پراکنش ژن¬ها نشان داد که بیشترین تعداد ژن (11 ژن) بر روی کروموزوم شماره 4 وکمترین تعداد ژن (1 ژن) برروی کروموزوم شماره 1 قرارگرفته‌است. در این راستا نیز یک تجزیه و تحلیل جامع از 24 ژن‌ Aux/IAAs با استفاده از پنج دامنه حفاظت شده انجام شد. نتایج نشان داد که دامنه دو، دامنه غالب در بین ژن‌ها محسوب می¬شود، لذا می¬تواند به عنوان شاخصی برای شناسایی اعضای این خانواده مورد استفاده قرار گیرد. در این مطالعه روابط فیلوژنتیک 24 ژن Aux/IAAs اسفناج با 29 ژن در آرابیدوپسیس، 30 ژن درکاهو و 49 ژن در تربچه نیز بررسی‌شد. بر اساس نتایج تجزیه و تحلیل فیلوژنتیک، ژن¬های درخت مورد نظر در 10 کلاد قرارگرفتند. در هرکلاد روابط ارتولوگ و پارالوگ بین ژن‌های Aux/IAAs شناسایی شدند و عملکرد ژن‌های Aux/IAAs اسفناج و آرابیدوپسیس بر اساس روابط فیلوژنتیکی مقایسه و بررسی شدند. با توجه به نتایج درخت، رابطه ارتولوگی بین برخی ژن‌های Aux/IAA در آرابیدوپسیس و اسفناج مشاهده شده است که در کلاد سوم SpoIAA2 با AtIAA31، در کلاد ششم SpoIAA1 با AtIAA27 ، در کلاد هشتم SpoIAA4 با AtIAA1و در کلاد نهم SpoIAA3 با AtIAA5 ارتولوگ همدیگر بودند. آنالیز بیان ژن چهار ژن Aux/IAAs با استفاده از واکنش زنجیره‌ای پلی‌مراز کمی در چهار مرحله رشدی دو، چهار، شش و هشت برگی مورد تجزیه و تحلیل قرارگرفت. نتایج نشان داد که سه ژن SpoIAA1، SpoIAA3 و SpoIAA4 در مرحله هشت برگی بیشترین سطح بیان را دارند. نتایج حاصل از این مطالعه بینش عمیقی را در مورد الگوهای بیان Aux/IAA ارائه می‌دهد و اطلاعات پایه‌ای برای آشکار کردن عملکرد بیولوژیکی ژن‌های Aux/IAAs در اسفناج فراهم‌ می¬کند.کلمات کلیدی: اسفناج، خانواده ژنی،Aux/IAA ، موتیف، بیان ژن