گروه مهندسی بیوسیستم
گروه مهندسی آب
گروه گیاه پزشکی
گروه علوم و صنایع غذایی
امنيت غذايي جزء مهمترين اهرم‌هاي استراتژي کشورها به منظور استقلال و خودكفايي مي‌باشد. استفاده بهينه از مواد غذايي، كاهش ضايعات، مديريت صحيح بر منابع و نيز استفاده از علوم و فنون نوین به منظور حفظ كيفيت و افزايش عمر نگهداري مواد غذايي نيازمند نيروهاي متخصص و كارآزموده در اين زمينه مي‌باشد. بديهي است نيل به این هدف جز با در اختيار داشتن نيروي انساني متخصص كه توانايي‌هاي خود را در محيط آموزش و علمي مناسب كسب نموده باشد، امكانپذير نخواهد بود.
گروه علوم دامی
گروه علوم خاک
گروه علوم خاک از سال 1362 فعالیت خود را به عنوان یکی از گرایش‌های رشته علوم زراعی در دانشکده کشاورزی آغاز کرد و سپس به صورت گروه علوم خاک به فعالیت خود ادامه داد. این گروه در سال 1365 در مقطع کارشناسی ارشد و در سال 1374در مقطع دکترا دانشجو پذیرفت. هم اکنون گروه علوم خاک با 10 عضو هیئت علمی مشغول به كار، 4 عضو هيئت علمي بازنشسته و 4 کارشناس آزمایشگاه در حال خدمت به بیش از 270 دانشجو در مقاطع مختلف کارشناسی، کارشناسی ارشد و دکتری می‌باشد.
گروه علوم باغباني
گروه تولید و ژنتیک گیاهی
گروه زراعت و اصلاح نباتات دانشگاه صنعتی اصفهان در سال 1356 با ایجاد رشته تولیدات گیاهی تشکیل شد. سپس در سال 1363 اولین دوره کارشناسی ارشد در رشته اصلاح نباتات و 1365 کارشناسی ارشد زراعت در این گروه دایر گردید. گروه در سال 1376 موفق به راه‌اندازی مقطع دکتری در رشته اصلاح نباتات و در سال 1384 در مقطع دکتری رشته زراعت شده است.
دوره های آموزشی
گروه توسعه روستایی