در این بخش از مطالعات، اجزای مختلف یک برنامه اصلاحی نطیر ثبت رکورد و مشخصات، ارزیابی ژنتیکی، تدوین اهداف اصلاحی، برآورد ارزش اقتصادی و نهایتا شناسایی برترین حیوان از لحاظ ژنتیکی- اقتصادی و طراحی سیستم‌های آمیزشی برای انتقال این برترین‌ها به گله‌های تجاری انجام می‌گیرد.  هدف این بخش پژوهشی حداکثر نمودن بازده اقتصادی از طریق بهبود ژنتیکی می‌باشد. در بخش پژوهش‌های ارزیابی ژنومیک پیش‌بینی ارزش اصلاحی حیوان به کمک نشانگرهای مولکولی چند شکلی تک نوکلئوتیدی و بدون آکاهی از ژن‌های کنترل کننده صفت انجام می‌گیرد. مطالعات عمدتا شبیه‌سازی کامپیوتری بوده و اثر عوامل مختلف (تعداد مارکر، میزان پیوستگی، تعداد افراد جمعیت و غیره) را بر صحت برآورد ارزش اصلاحی ژنومیک بحث و بررسی  می‌کند. تمام مزایا و معایب روش ارزیابی ژنتیکی به تفصیل از طریق شبیه‌سازی کامپیوتری در دست مطالعه می‌باشد.