گروه بيوتكنولوژي كشاورزي داراي سه آزمايشگاه اصلي شامل:

    آزمايشگاه ژنوميكس كاربردي
    آزمايشگاه بيوتكنولوژي ملكولي
    آزمايشگاه كشت بافت و انتقال ژن

مي‌باشد. عمده فعاليت‌هاي تحقيقاتي گروه مربوط به بررسي ملكولي گياهان مي‌باشد، بنابراين امكانات لازم براي كشت بافت آن‌ها در اين گروه مهياست. تعدادي از پژوهشگران و دانشجويان اين گروه در مورد رديابي،  شناسايي و شباهت‌ها يا تفاوت‌هاي ساختاري انواع ژن‌هاي و پروتئين‌هاي گياهان تحت شرايط تنش‌هاي محيطي و عوامل بيمارگر تحقيق مي‌كنند. انتقال ژن و تجزيه و تحليل بيان اين ژن‌ها در گياهان از اهداف پژوهشي اصلي گروه مي‌باشد.

گروه بيوتكنولوژي كشاورزي از امكانات و تجهيزاتي مانند انواع PCR و الكتروفورز براي تجزيه و تحليل قطعات DNA و پروتئين انواع نمونه‌هاي بيولوژيكي برخوردار است.